Так проводил Иоанн шестнадцатый год своего возраста; на семнадцатом, 13 декабря 1546 года, он позвал к себе митрополита и объявил, что хочет жениться; на другой день митрополит отслужил молебен в Успенском соборе, пригласил к себе всех бояр, даже и опальных, и со всеми отправился к великому князю, который сказал Макарию: "Милостию божиею и пречистой его матери, молитвами и милостию великих чудотворцев, Петра, Алексея, Ионы, Сергия и всех русских чудотворцев, положил я на них упование, а у тебя, отца своего, благословяся, помыслил жениться. Сперва думал я жениться в иностранных государствах у какого-нибудь короля или царя; но потом я эту мысль отложил, не хочу жениться в чужих государствах, потому что я после отца своего и матери остался мал; если я приведу себе жену из чужой земли и в нравах мы не сойдемся, то между нами дурное житье будет; поэтому я хочу жениться в своем государстве, у кого бог благословит, по твоему благословению". Митрополит и бояре, говорит летописец, заплакали от радости, видя, что государь так молод, а между тем ни с кем не советуется. Но молодой Иоанн тут же удивил их еще другою речью: "По твоему, отца своего митрополита, благословению и с вашего боярского совета хочу прежде своей женитьбы поискать прародительских чинов, как наши прародители, цари и великие князья, и сродник наш великий князь Владимир Всеволодович Мономах на царство, на великое княжение садились; и я также этот чин хочу исполнить и на царство, на великое княжение сесть". Бояре обрадовались, что государь в таком еще младенчестве, а прародительских чинов поискал. Но конечно, всего более удивились они (а некоторые, как увидим из писем Курбского, не очень обрадовались) тому, что шестнадцатилетний великий князь с этих пор внутри и вне государства принял титул, которого не решались принять ни отец, ни дед его, - титул царя. 16 января 1547 года совершено было царское венчание, подобное венчанию Димитрия-внука при Иоанне III. Между тем еще в декабре разосланы были по областям, к князьям и детям боярским грамоты: "Когда к вам эта наша грамота придет и у которых будут из вас дочери девки, то вы бы с ними сейчас же ехали в город к нашим наместникам на смотр, а дочерей девок у себя ни под каким видом не таили б. Кто же из вас дочь девку утаит и к наместникам нашим не повезет, тому от меня быть в великой опале и казни. Грамоту пересылайте между собою сами, не задерживая ни часу". Выбор пал на девушку из одного из самых знатных и древних московских боярских родов, который при наплыве родов княжеских успел удержать за собою близкое к престолу место, - выбор пал на Анастасию, дочь умершего окольничего Романа Юрьевича Захарьина-Кошкина, племянницу боярина Михаила Юрьевича, близкого, как мы видели, человека к великому князю Василию; быть может, и эти отношения не были без влияния на выбор; надобно заметить, что представитель рода по смерти боярина Михаила, другой дядя Анастасии, Григорий Юрьевич Захарьин, не принадлежал к стороне Шуйских, не упоминается ни в каких боярских смутах детства Иоаннова.
3 февраля была царская свадьба; 12 апреля вспыхнул сильный пожар в Москве; 20 числа - другой; 3 июня упал большой колокол - благовестник; 21 - новый страшный пожар, какого еще никогда не бывало в Москве; загорелась церковь Воздвижения на Арбате при сильной буре; огонь потек, как молния, спалил на запад все, вплоть до Москвы-реки у Семчинского сельца; потом буря обратилась на Кремль, вспыхнул верх Успенского собора, крыши на царском дворе, казенный двор, Благовещенский собор; сгорела Оружейная палата с оружием, Постельная палата с казною, двор митрополичий, по каменным церквам сгорели иконостасы и людское добро, которое продолжали и в это время прятать по церквам. В Успенском соборе уцелел иконостас и все сосуды церковные; митрополит Макарий едва не задохся от дыма в соборе, он вышел из него, неся образ богородицы, написанный митрополитом Петром, за ним шел протопоп и нес церковные правила. Макарий ушел было сначала на городскую стену, на тайник, проведенный к Москве-реке, но здесь не мог долго оставаться от дыма; его стали спускать с тайника на канате на взруб к реке, канат оборвался, и митрополит сильно расшибся, едва мог прийти в себя и был отвезен в Новоспасский монастырь. Кремлевские монастыри - Чудов и Вознесенский - сгорели; в Китае сгорели все лавки с товарами и все дворы, за городом - большой посад по Неглинной, Рождественка - до Никольского Драчевского монастыря; по Мясницкой пожар шел до церкви святого Флора, на Покровке - до церкви святого Василия, народу сгорело 1700 человек. Великий князь с женою, братом и боярами уехал в село Воробьево.
На другой день он поехал с боярами в Новоспасский монастырь навестить митрополита. Здесь царский духовник, благовещенский протопоп Федор Бармин, боярин князь Федор Скопин-Шуйский, Иван Петрович Челяднин начали говорить, что Москва сгорела волшебством: чародеи вынимали сердца человеческие, мочили их в воде, водою этою кропили по улицам - от этого Москва и сгорела. Царь велел разыскать дело; розыск произвели таким образом: 26 числа, в воскресенье, на пятый день после пожара, бояре приехали в Кремль, на площадь к Успенскому собору, собрали черных людей и начали спрашивать: кто зажигал Москву? В толпе закричали: "Княгиня Анна Глинская с своими детьми волхвовала: вынимала сердца человеческие, да клала в воду, да тою водою, ездя по Москве, кропила, оттого Москва и выгорела!" Черные люди говорили это потому, что Глинские были у государя в приближении и жаловании, от людей их черным людям насильство и грабеж, а Глинские людей своих не унимали. Конюший боярин, князь Михайла Васильевич Глинский, родной дядя царский, был в это время с матерью во Ржеве, полученном от царя в кормление; но брат его, князь Юрий, был в Москве и стоял вместе с боярами на Кремлевской площади. Услыхавши о себе и о матери своей такие речи в народе, он понял, что его может постигнуть, и ушел в Успенский собор, но бояре, злобясь на Глинских как на временщиков, напустили чернь: та бросилась в Успенский собор, убила Глинского, выволокла труп его из Кремля и положила перед торгом, где казнят преступников. Умертвивши Глинского, чернь бросилась на людей его, перебила их множество, разграбила двор; много погибло тут и неизвестных детей боярских из Северской страны, которых приняли за людей Глинского. Но одного Глинского было мало; на третий день после убиения князя Юрия толпы черни явились в селе Воробьеве у дворца царского с криком, чтоб государь выдал им бабку свою, княгиню Анну Глинскую, и сына ее, князя Михаила, которые будто спрятаны у него в покоях; Иоанн в ответ велел схватить крикунов и казнить; на остальных напал страх, и они разбежались по городам. Виновниками восстания против Глинских, главными наустителями черни летописец называет благовещенского протопопа Федора Бармина, князя Федора Шуйского-Скопина, князя Юрия Темкина, Ивана Петровича Челяднина, Григория Юрьевича Захарьина, Федора Нагого. В малолетство Иоанна Шуйские и приятели их сами управлялись с людьми, себе враждебными; по когда Иоанн вырос, когда казнь Андрея Шуйского, Кубенского, Воронцова показала им невозможность дальнейшего самоуправства, то они начали действовать против приближенных к царю людей - Глинских не непосредственно, а посредством народа. В восстании против Глинских мы видим главных советников Андрея Шуйского, которые после казни его были сосланы, но потом возвращены в Москву: князя Федора Шуйского-Скопина, князя Юрия Темкина; но они теперь уже так слабы, что но могут действовать одни и действуют в союзе с приближенными к Иоанну людьми, которые враждебно столкнулись с Глинскими в борьбе за влияние на волю молодого царя: Шуйский и Темкин действуют вместе с духовником царским, Барминым, и дядею царицы, Григорием Захарьиным.