Летописцы говорят глухо, не объявляют, в чем состояли крамолы, измена Патрикеевых и Ряполовского, но нет сомнения, что эта измена и крамолы состояли в действиях их против Софии и ее сына, в пользу Елены и Димитрия-внука; это ясно видно из приведенных выше слов Курбского и Берсеня, ясно и из того, что за опалою Патрикеевых и Ряполовского немедленно последовала опала Елены и Димитрия, торжество Софии и Василия. Здесь мы не можем не привести одного любопытного известия, из которого видно, что поведение Патрикеевых и Ряполовского, поступавших еще по старой княжеской и боярской привычке, не нравилось Иоанну, требовавшему новых отношений князей служилых и бояр к великому князю, государю; давая наставление послам, отправлявшимся к польскому королю, Иоанн говорит: "Чтоб во всем между вас было гладко, пили бы бережно, не допьяна, чтобы вашим небреженьем нашему имени бесчестья не было; ведь что сделаете не попригожу, так нам бесчестье и вам тоже; и вы бы во всем себя берегли, а не так бы делали, как князь Семен Ряполовский высокоумничал с князем Васильем, сыном Ивана Юрьевича".
После опалы боярской Иоанн начал нерадеть о внуке, по выражению летописцев, и объявил сына Василия великим князем Новгорода и Пскова. В Новгороде после выводов старых жителей было тихо, оттуда не раздалось никакого возражения, но псковичи еще жили по старине: узнавши об этой новости и не зная, в чем дело, они отправили в Москву троих посадников и по три боярина с конца бить челом великим князьям Иоанну Васильевичу и внуку его, Димитрию Иоанновичу, чтоб держали отчину свою в старине и, который великий князь будет на Москве, тот был бы и во Пскове. Услыхав от послов такую просьбу, великий князь рассердился. "Разве я не волен в своем внуке и в своих детях? - сказал он. - Кому хочу, тому и дам княжество". Один посадник с боярами были отпущены, двое других задержаны и посажены в тюрьму. В это время приехал во Псков из Новгорода владыка Геннадий и хотел соборовать, но посадники и псковичи, подумав, соборовать владыке не дали: "Ты хочешь молить бога за великого князя Василия, а наши посадники затем поехали к великому князю, что мы не верим, будто князь Василий будет великим князем новгородским и псковским, подожди: когда приедут наши посадники и бояре, тогда и служи". Послы приехали, но не все, приехали с опалою, без поклона, с одним ответом: "Разве не волен я, князь великий, в своих детях и в своем княжении?" Псковичи поспешили послать других бояр бить челом великим князьям - Иоанну Васильевичу и Василию Иоанновичу новгородскому и псковскому, "чтоб государи наши держали отчину свою в старине, а посадников бы отпустили". Посадники были отпущены, и вслед за ними приехал боярин из Москвы с объявлением, что великий князь отчину свою держит в старине.
Псковичи напрасно беспокоились: Иоанн не хотел делить великого княжения, не хотел раздирать его усобицами, которые могли кончиться только гибелью одного из соперников, и предупредил борьбу, пожертвовав сыну внуком. II апреля 1502 года великий князь положил опалу на внука своего, великого князя Димитрия, и на мать его Елену, посадил их под стражу и с того дня не велел поминать их в ектеньях и литиях, не велел называть Димитрия великим князем, а 14 апреля пожаловал сына своего Василия, благословил и посадил на великое княжение Владимирское и Московское всея Руси самодержцем по благословению Симона-митрополита. С этих пор имя великого князя Василия является в грамотах подле отцовского, причем Иоанн называется в отличие великим князем большим. Отпуская послов в Литву, Иоанн дал им такой наказ: если дочь великого князя (Елена) или кто другой спросит: "Как великий князь пожаловал сына своего Василия великим княжеством?" - то послам отвечать: "Пожаловал государь наш сына своего, учинил государем так: как сам он государь на государствах своих, так и сын его с ним на всех тех государствах государь". Если же спросит: "А ведь прежде государь пожаловал великим княжеством внука своего; и он взял ли у внука великое княжество?" - то на это послы должны были отвечать: "Который сын отцу служит и норовит, того отец больше и жалует; а который сын родителям не служит и не норовит, того за что жаловать?" Если же дочь великого князя Елена спросит: "Где теперь внук и сноха?" - то послы должны отвечать: "Внук и сноха живут теперь у великого князя, так же как и прежде жили". Посол, отправленный в Крым, должен был на те же вопросы отвечать так: "Внука своего государь наш было пожаловал, а он стал государю нашему грубить; но ведь жалует всякий того, кто служит и норовит, а который грубит, того за что жаловать?"