Но не вдруг мог забыть Новгород свой прежний быт, и противная Москве сторона ждала только первого удобного случая, чтоб снова подняться. Этот удобный случай не замедлил представиться, когда в 1477 году хан Золотой Орды в союзе с Казимиром литовским начал грозить Москве нашествием и когда братья великого князя хотели также воспользоваться этим случаем для возвращения себе старых удельных прав. Иоанну дали тайно знать, что многие новгородцы пересылаются с Казимиром, зовут его к себе, пересылаются и с немцами, король обещал явиться с полками и послал, с одной стороны, к хану Золотой Орды звать его на Москву, а с другой - к папе с просьбою о денежном вспоможении для успеха в деле, которое неминуемо повлечет за собою присоединение важной области к римской церкви. Папа назначил на военные издержки сбор со всех церквей польских и литовских. Иоанн хотел предупредить Казимира и застать врасплох новгородцев: взяв с собою только тысячу человек, он отправился 26 октября к Новгороду миром, а между тем под предлогом войны с немцами велел сыну набирать войска и спешить за собою следом; заставы были расставлены повсюду, дабы в Новгороде не узнали о наборе и приближении многочисленной рати. Несмотря на то, в Бронницах он получил весть, что новгородцы затворились и не намерены пускать его миром. Тогда Иоанн дождался полков своих и приступил к городу, в котором по-прежнему имел многочисленных приверженцев: они не хотели биться и перебегали к москвичам; архиепископ послал за опасною грамотою, но Иоанн отвечал: "Я сам опас для невинных и государь ваш; отворите ворота: когда войду в город, невинных ничем не оскорблю". А между тем разрушительная стрельба из пушек не прекращалась. Наконец ворота отворились, и владыка, посадник, тысяцкий (ибо новгородцы поспешили восстановить свои древние формы правления), старосты пяти концов, бояре и народ вышли навстречу к великому князю, пали ниц и просили прощения. Иоанн благословился у архиепископа и сказал во всеуслышание: "Я, государь ваш, даю мир всем невинным, не бойтесь ничего!" - и отправился по обычаю к св. Софии, а потом в дом Ефима Медведева, нового посадника, где и остановился. В тот же день 50 человек главных врагов Москвы были захвачены и пытаны. Тут только великий князь узнал об участии владыки в заговоре и о сношениях братьев своих с новгородцами. Феофил был взят и отослан в московский Чудов монастырь под стражу, богатство его отобрано в казну; 100 главных заговорщиков подверглись смертной казни. 100 семей детей боярских и купцов разосланы по низовым городам. Но и этим дело не кончилось: в 1481 году схвачены были четверо новгородских бояр; вражда сторон продолжалась, и следствием было то, что в 1484 году сами же новгородцы прислали донос в Москву, что некоторые из их сограждан пересылались с королем; по этому доносу человек тридцать больших и житых людей было схвачено, дома их разграблены, сами подвергнуты пытке; когда их приговорили к смертной казни, то перед виселицею стали они прощаться друг с другом и каяться, что напрасно клепали друг друга на пытке. Услыхав об этом, великий князь не велел их вешать, но велел сковать и посадить в тюрьму, а жен и детей их послать в заточение. В то же время была схвачена и разграблена Настасья, славная и богатая, по выражению летописца, взят и пограблен был также Иван Кузьмин, который во время новгородского взятия с тридцатью слугами убежал в Литву, но король не оказал ему никакой милости, слуги отстали от него, и он сам-третей прибежал назад, в Новгород, где и был схвачен. В том же 1484 году принужден был по болезни оставить архиепископию владыка Сергий, посвященный в Новгород на место Феофила из старцев Троицкого Сергиева монастыря. Московские летописцы говорят, что новгородцы не хотели покориться Сергию, ибо он не по их мысли ходил; не могши ничего сделать над ним явно, они волшебством отняли у него ум, говоря, что Иоанн-чудотворец наказал его. Новгородские же и псковские летописцы рассказывают, будто бы Сергий стал притеснять игумнов и священников, ввел новые пошлины, будто бы, заехав на дороге в Сковородский Михайловский монастырь, от гордости, потому что приехал из Москвы к гражданам плененным, не захотел вскрыть гроб похороненного тут новгородского владыки Моисея и будто бы с этих пор нашло на него изумление: иногда видали, как он сидел на Евфимьевской паперти в одной ряске без мантии, а иногда видали его в полдень сидящим в том же виде у св. Софии. По другому рассказу, новгородские владыки начали являться Сергию то во сне, то наяву с укором, как он смел принять святительское поставление при жизни своего предшественника, не уличенного в ереси, но изгнанного неправдою; когда же он презрел этими укорами, то невидимая сила поразила его и на некоторое время лишила употребления языка. В 1487 году переведено из Новгорода во Владимир 50 семей лучших купцов. Тогда же выехала из Новгорода и московская ратная сила, стоявшая здесь 17 недель. В 1488 году привели из Новгорода в Москву больше семи тысяч житых людей за то, что хотели убить наместника великокняжеского Якова Захарьича; некоторых Яков казнил еще в Новгороде, других казнили в Москве, остальных отправили на житье в Нижний, Владимир, Муром, Переяславль, Юрьев, Ростов, Кострому и другие города; на их место посланы в Новгород из Москвы и других городов низовых дети боярские и купцы.