Полноправная литовско-русская религия обратилась в "презренную хлопскую схизму" (ибо исповедовалась по преимуществу низшими классами) и подлежала преследованию, которое тотчас же и началось. Православные не имели священников, богослужение совершалось в полях, ибо в городах было запрещено, детей возили крестить за 100 верст, в иных местах церкви отдавались на откуп евреям, которые облагали богослужение в них и требы произвольными поборами. Униат епископ Полоцкий Иосафат Кунцевич выбрасывал из могил православных на съедение собакам. Но и при таких условиях православные держались и отстояли за собой Киево-Печерскую лавру и митрополичью кафедру в Киеве, духовную академию (трудами Петра Могилы); добиваясь некоторых постановлений, благоприятных для православия, на сеймах, заводили школы и благотворительные учреждения. Все это были легальные способы борьбы с польско-католическим гнетом. Но были и нелегальные — восстания, в которых главная роль принадлежала казачеству.
II. Казачество на окраинах Литовско-Польского государства формировалось довольно давно. С появлением Крымской Орды на степных границах литовско-польских стали появляться вольные общины казаков, как бы пограничная милиция для борьбы с татарами. Казаки не только отбивали татарские набеги на Литву и Польшу, но и сами нападали на Крым и Турцию. Они считались подданными Литвы и Польши, но не повиновались своему государству. Их борьба с татарами вообще была полезна для государства, но их разбои на Черном море вели к крупным неприятностям для Польши со стороны Турции и Крыма. И то и другое обстоятельство заставляли польское правительство в XVI в. серьезно думать о том, чтобы забрать казаков под надзор и контроль государства. Польские власти старались образовать из казаков свои правительственные отряды и с их помощью понемногу водворить порядок на степной окраине. В то же время они поощряли шляхетскую колонизацию Украины, благодаря которой свободное население Украины — "казаки" — обращались в "хлопов" или крепостных крестьян, и на Украине водворялся обычный для Польши общественный порядок. Благодаря мероприятиям королей XVI в., у казаков, поверстанных на службу, развилось к концу XVI столетия известное самоуправление: они выбирали гетмана, войсковую старшину (судья, писарь, полковники и др.) и разделялись на полки (округи), но в полках было лишь определенное число (600) полноправных казаков, называемых реестровыми, т. е. занесенными в списки (реестры). Остальное население Поднепровья считалось как бы простыми крестьянами. В 1590 г. против него были приняты особые стеснительные меры с целью обуздать его своеволие; нереестровых казаков включили в хлопство и начали вместе с землями отдавать польской шляхте, селившейся в казачьей Украине. А между тем от этого самого хлопства, от усилившегося гнета Польши и панов крестьянство спасалось именно на Днепре, выходя из Польши и Литвы.
Особенности польского строя водворились в Украине после Люблинской унии в 1569 г., когда она стала польской областью. Но в то же время эти особенности стали торжествовать и во всем Литовском государстве, а в самой Польше аристократический дворянский порядок обозначался все более и более резкими чертами. Эти обстоятельства вызывали усиленное выселение недовольных людей из середины государства в южную степь, а польское правительство усиленно старалось завладеть этой степью. Таким образом, Украина переставала быть убежищем недовольных как раз тогда, когда число их возросло, и это вызвало крупные общественные беспорядки. Нереестровые казаки от панских рук уходили все южнее, ближе к татарам, и образовали за порогами Днепра своеобразный оплот казачества — Сечь Запорожскую. Там окрепла казаческая традиция, продолжалась борьба с магометанским миром, туда стремились все недовольные государственными порядками в Польше и Украине. Когда же Польша задумала наложить руку на Запорожье, поднялся ряд известных казачьих восстаний. Под предводительством своих гетманов (Косинский, Лобода, Наливайко, Тарас, Павлюк, Остраница) казаки бросались на Польшу, действуя во имя религиозной и гражданской независимости русской народности. Эти восстания не удавались, и поляки разоряли даже Сечь, забирали крепче и крепче Украину, больше и больше давили народ. После усмирения возмущения обыкновенно усиливался прилив польского элемента — панов и ксендзов — в Украину, и казачество обращалось в холопов этих пришельцев. Такой порядок, конечно, не мог удовлетворить жителей Украины, общая беда теснее связывала казаков с хлопами; восстания принимали характер не исключительно казачьих, а земских, и поддерживались крестьянами всей западной Руси.