В Москве в XVI в. развивался порядок демократический и строго монархический, и литовская знать оказалась в таком положении, что должна была выбирать или потерю политического влияния с присоединением к Москве, или потерю религиозно-нравственной самостоятельности с присоединением к Польше. Середины не было, потому что и Польша, и Русь наступительно шли на Литву. В середине XVI в., в 60-х годах, московские войска взяли Полоцк и хозяйничали в Литве, а последний Ягеллон Сигизмунд II Август настаивал на унии с Польшей. На протест Литвы Польша отвечала угрозой оставить Литву на жертву Грозному царю. Сейм 1569 г. в Люблине полгода рассуждал об унии. Литовские послы уехали даже с сейма, но важнейшие западнорусские вельможи (князь Острожский и др.) стали за унию, и она состоялась. Власти Ивана Грозного была предпочтена потеря национальной самостоятельности.
Условия реальной унии 1569 г. были таковы: Литва и Польша сливались в одно нераздельное государство, имели одного монарха, общий сейм, общий сенат (по-литовски: рада), но особые законы, особых правительственных лиц и отдельные войска. Часть западнорусских земель (Волынь, Украйна, Подляхия) присоединялась от Литвы к Малой Польше. Поляки не считались иностранцами в Литве и имели право занимать там должности, приобретать земли. При таких условиях польские формы быта быстро переходили в Литву, литовская шляхта, не имевшая еще большого политического влияния, под давлением сильной литовской аристократии быстро достигала его на общих сеймах с поляками; крестьяне были формально закрепощены, города резче замыкались в узкие мещанские корпорации и наводнялись иноземцами, особенно евреями. Зато Польша помогла Литве против Москвы и воспрепятствовала присоединению западных русских областей к восточной Руси.
Трудно передать отчаяние части западнорусского общества, которая не сочувствовала Польше и понимала всю опасность польского гнета; говорят, что представители Литвы на коленях со слезами просили Сигизмунда Августа не губить Литвы присоединением к Польше. Однако это соединение совершилось волей короля и согласием вельмож и имело два роковых последствия для Литвы и Литовско-Польской Руси: во-первых, острую религиозную борьбу, во-вторых, острую общественную борьбу. Первая породила религиозную унию, вторая — ряд крестьянско-казацких восстаний. Обратимся к рассмотрению этих последствий.
1. Хотя актом Люблинской унии предоставлена была свобода веры, но польско-литовские государи не сочувствовали этой свободе; пока западная Русь была православной, она не могла прочно слиться с Польшей. Для слияния народностей необходимо было единство религии, и потому польское правительство желало искоренения православия. Но в его владениях развился протестантизм, зашедший из Германии и особенно радушно принятый в Литве. Для борьбы с ним в Польшу и Литву явились в 1565 г. иезуиты и с помощью правительства скоро задушили протестантство, не успевшее еще пустить прочных корней. Когда иезуиты сладили с протестантами, они обратили свои силы на "схизматиков" — православных. Трудно решить, они ли натолкнули Стефана Батория на мысль извести греческую схизму или Стефан Баторий указал эту цель из политических видов. Интересы Польши в этом вопросе совпадали с желанием папской курии. Стефан Баторий был одновременно и дальновидным польским политиком, и верным союзником папы, желая распространения католичества на Руси.
Дело в том, что у папства в эту эпоху была вековая идея, которую папы желали ввести в общее сознание Европы, — идея крестового похода для изгнания турок из Европы. Эта идея владела и недюжинным умом Стефана Батория. План борьбы с турками одинаково прилежно разрабатывался и в Риме, и в Польше. И там, и тут полагали, что для успеха дела необходимо привлечь к нему в качестве орудия Москву, а чтобы удобнее пользоваться этим орудием, нужно было его подчинить папе. Иван Грозный высказался сочувственно о борьбе с турками, но не хотел и слышать об унии с католиками, а это делало союз его для Римской церкви ненадежным. Москве нужно было навязать католика-государя — так думали Стефан Баторий и Поссевин, считая это лучшим средством окатоличить Москву и заручиться ее помощью. Православие же в западной Руси можно, как предполагали, легко истребить и прямо.