Обратимся теперь к делам времени царя Алексея в сфере церковной. Значение тогдашних церковных событий было очень велико: тогда начался раскол, остающийся и теперь еще вопросом не только истории, но и жизни; тогда же возник вопрос об отношениях церковной и светской властей. И тот и другой вопросы связаны с деятельностью Никона. Поэтому прежде всего обратимся к самой личности замечательного патриарха.
Патриарх Никон, в миру Никита, один из самых крупных могучих русских деятелей XVI в., родился в мае 1605 г. в крестьянской семье, в селе Вельеманове близ Нижнего Новгорода. Мать Никиты умерла вскоре после его рождения, и ему, еще ребенком, пришлось много вытерпеть от мачехи, женщины очень злого нрава. Уже тут Никита выказал присутствие сильной воли, хотя постоянное гонение и не могло не оказать дурного влияния на его характер. Никита обнаружил необыкновенные способности, быстро выучился грамоте, и книга увлекла его. Он захотел уразуметь всю глубину божественного писания и удалился в монастырь Макария Желтоводского, где и занялся прилежным чтением священных книг. Но родня вызвала его из монастыря обратно. Никита женился, на двадцатом году был поставлен в священники и священствовал в одном селе. Оттуда по просьбе московских купцов, узнавших о его начитанности, Никита перешел в Москву. Но тут он был недолго: потрясенный смертью своих детей, умиравших один за другим, он ушел в Белое море и постригся в Анзерском скиту под именем Никона. Поссорившись там с начальным старцем Елеазаром, Никон удалился в Кожеозерскую пустынь, где и был игуменом с 1642 по 1646 г. На третий год после своего поставления он отправился по делам пустыни в Москву и здесь явился с поклоном к молодому царю Алексею Михайловичу, как вообще в то время являлись с поклоном к царю настоятели монастырей. Царю до такой степени понравился Кожеозерский игумен, что патриарх Иосиф, по царскому желанию, посвятил Никона в сан архимандрита Новоспасского монастыря в Москве, где была родовая усыпальница Романовых. В силу последнего обстоятельства набожный царь часто ездил туда молиться за упокой души своих предков и много беседовал с Никоном. Алексей Михайлович был из таких сердечных людей, которые не могут жить без дружбы, всей душой привязываются к людям, если те им нравятся по своему складу, — и вот он приказал архимандриту приезжать для беседы каждую пятницу во дворец. Пользуясь расположением царя, Никон стал "печаловаться" царю за всех обиженных и утесненных и, таким образом, приобрел в народе славу доброго защитника и ходатая. Вскоре в его судьбе произошла новая перемена: в 1648 г. скончался Новгородский митрополит Афанасий, и царь предпочел всем своего любимца. Иерусалимский патриарх Паисий рукоположил Новоспасского архимандрита в сан митрополита Новгородского. В Новгороде Никон стал известен своими прекрасными проповедями. Когда в Новгородской земле начался голод, он много помогал народу и хлебом и деньгами, да, кроме того, устроил в Новгороде четыре богадельни. В 1650 г. вспыхнул народный мятеж, и в образе действий Никона во время этих волнений мы уже видим проявление того крупного и решительного характера, который увидим и в деле раскола: он сразу наложил на всех коноводов мятежа проклятие и раздражил этим народ настолько, что подвергся даже насилию со стороны бунтовщиков. Но вместе с тем Никон ходатайствовал перед царем за новгородцев.
Будучи Новгородским митрополитом, Никон следил, чтобы богослужение совершалось с большей точностью, правильностью и торжественностью. А в то время, надо сказать, несмотря на набожность наших предков, богослужение велось в высшей степени неблаголепно, потому что для скорости разом читали и пели разное, так что молящиеся вряд ли что могли разобрать. Для благочиния митрополит уничтожил это "многогласие" и заимствовал киевское пение вместо так называемого "раздельноречнаго" очень неблагозвучного пения. В 1651 г., приехав в Москву, Никон посоветовал царю перенести мощи митрополита Филиппа из Соловецкого монастыря в столицу и этим загладить давний грех Ивана Грозного перед святителем. Царь послал (1652) в Соловки за мощами самого Никона.
В то время, когда Никон ездил в Соловки за мощами, скончался московский патриарх Иосиф (1652). На престол патриарший был избран Никон; он отвечал отказом на это избрание; тогда в Успенском соборе царь и окружавшие его со слезами стали умолять митрополита не отказываться. Наконец Никон согласился, но под условием, если царь, бояре, освященный собор и все православные дадут торжественный обет перед Богом, что они будут сохранять "евангельские Христовы догматы и правила св. апостолов и св. отец, и благочестивых царей законы" и будут слушаться его, Никона, во всем, "яко начальника и пастыря и отца краснейшаго". Царь, за ним власти духовные и бояре поклялись в этом, и 25 июля 1652 г. Никон был поставлен патриархом.