Дав свое согласие на престол, Михаил Федорович выехал вместе с матерью из Костромы в Ярославль. Здесь к нему стал стекаться народ большими толпами, выражая свою симпатию молодому царю. Таким образом, после 1612 г. Ярославль вторично делается центром патриотического движения. В этом городе Михаил Федорович оставался месяц, а потом, в середине апреля, когда прошел лед и сбыла вода, двинулся дальше. В Москве между тем Земский собор еще не расходился: он управлял всеми делами государства и деятельно переписывался с царем. Часто между собором и царем возникали недоразумения, потому что казацкие грабежи и беспорядки в стране еще продолжались. Земский собор, принимая против них меры, вместе с тем заботился и об устройстве царского двора, отбирая дворцовые земли у тех, кто ими завладел, и собирая запасы для дворца. Вести о беспорядках доходили и до Михаила Федоровича, в Ярославль; к нему приходили жаловаться на грабежи, бежали с жалобой и те, у кого были отняты дворцовые земли. Все просили управы и помощи, а у царя не было средств ни на то, ни на другое. На вопрос царя о разбоях и беспорядках собор отвечал, что он старается, насколько можно, об устройстве земли, и докладывал о своих мероприятиях, но эти последствия казались Михаилу (или вернее, тому, кто за ним стоял) очень неудовлетворительными. В Ярославле думали, что можно скорее и лучше водворить порядок, чем то делал собор. И вот, видя, что порядок не сразу устанавливается, слыша постоянные жалобы и просьбы о кормах и жалованье, не умея их удовлетворить или прекратить, Михаил Федорович "кручинился" и с некоторым раздражением писал собору: "Вам самим ведомо, учинились мы царем по вашему прошению, а не своим хотением: крест нам целовали вы своею волею; так вам бы всем, помня свое крестное целование, нам служить и во всяком деле радеть"... Царь требовал этими словами, чтобы собор избавил его от хлопот с челобитчиками, и просил "те докуки от него отвести", как он выражался.
Несмотря на неудовольствия, 16 апреля царь "пошел" к Москве из Ярославля, требуя, чтобы к его приезду приготовили ему помещение, и даже прямо указывал палаты дворца; а у собора не было ни материала для их поправки, ни мастеров, почему и были приготовлены другие палаты, что вызвало гнев со стороны царя. Когда царь был уже около Троице-Сергиева монастыря, к нему стали сбегаться дворяне и крестьяне, ограбленные и избитые казачьими шайками, бродившими около самой Москвы. Тогда Михаил Федорович в присутствии послов от собора заявил, что он с матерью не пойдет дальше, и сказал послам: "Вы нам челом били и говорили, что все люди пришли в чувство, от воровства отстали, так вы били челом и говорили ложно". А в Москву Михаил Федорович писал боярам и собору: "Можно вам и самим знать, если на Москве и под Москвою грабежи и убийства не уймутся, то какой от Бога милости надеяться?" Собор, конечно, всеми силами рад был окончить все беспорядки, но он знал свое бессилие: он держался и повелевал только нравственным авторитетом, который не мог простираться на все элементы смуты. Как бы то ни было, несмотря на неудовольствие, Михаил Федорович прибыл 2 мая в Москву, а 11 июля венчался на царство. Этим моментом кончается смутная эпоха и начинается новое царствование.
Первые годы правления царя Михаила Федоровича до сих пор представляют собой такой исторический момент, в котором не все доступно научному наблюдению и не все понятно из того, что уже удалось наблюсти. Неясны ни самая личность молодого государя, ни те влияния, под которыми жила и действовала эта личность, ни те силы, какими направлялась в то время политическая жизнь страны. Болезненный и слабый, царь Михаил всего тридцати с небольшим лет так "скорбел ножками", что иногда, по его собственным словам (в июне 1627 г.), его "до возка и из возка в креслах носят". Около царя заметен кружок дворцовой знати — царских родственников, которые вместе с государевой матерью тянулись к влиянию и власти. Хотя один современник и выразился так, что мать государя, "инока великая старица Марфа, правя под ним и поддерживая царство со своим родом", однако очевидно, что старица правила только дворцом и поддерживала не царство, а свой "род". Течение политической жизни шло мимо ее кельи и направлялось какой-то иной силой, каким-то правительством, состав которого, однако, не совсем ясен. Это не был Земский собор или, как тогда говорили, "вся земля". "Вся земля" была как бы совещательным органом при каком-то ином правительстве, во главе которого стоял царь и в составе которого находились истинные руководители московской политики. Конечно, это не была Боярская дума во всем ее составе; но мы не знаем, кто именно это был. Просматривая список думных людей тех лет, мы не можем точно сказать, кого из думцев надлежит считать только высшим чиновником и в ком из думцев надлежит видеть влиятельного советника и даже руководителя власти.
Всего вероятнее, что за царем стоял им самим составленный придворный кружок, а не ограничивающее его власть учреждение с определенным составом и формальными полномочиями. Царь Михаил ограничен во власти не был, и никаких ограничительных документов от его времени до нас не дошло.