Становится ясно, что через месяц по очищении Москвы главные силы земского ополчения были уже демобилизованы. По обычному московскому порядку, с окончанием похода служилые отряды получали разрешение возвращаться в свои уезды "по домам". Взятие Москвы было тогда понято как конец похода. Содержать многочисленное войско в разоренной Москве было трудно; еще труднее было служилым людям кормиться там самим. Не было и основания для того, чтобы держать в столице большие массы полевого войска — дворянской конницы и даточных людей. Оставив в Москве необходимый гарнизон, остальных сочли возможным отпустить домой. Это-то и разумеет летописец, когда говорит о конце ноября: "Людие ж с Москвы все розъехалися". В составе гарнизона, опять-таки по обычному порядку, были московские дворяне, некоторые группы провинциальных, "городовых", дворян (сам Иван Философов, например, был не москвич, а "смолянин", т. е. из смоленских дворян), далее стрельцы (число которых уменьшилось в смуту) и, наконец, казаки, Философов точно определяет число дворян в 2000, число стрельцов в 1000 и число казаков в 4500 человек. Получилось такое положение, которое вряд ли могло нравиться московским властям. С роспуском городских дружин служилых и тяглых людей казаки получили численный перевес в Москве. Их некуда было распустить по их бездомовности и их нельзя было разослать на службу в города по их ненадежности. Начиная с приговора 30 июня 1611 г., земская власть, как только получала преобладание над казачеством, стремилась выводить казаков из городов и собирать их у себя под рукой в целях надзора, и Пожарский в свое время, в первой половине 1612 г., стягивал служилых подчинившихся ему казаков в Ярославль и затем вел их с собой под Москву. Поэтому-то в Москве и оказалось так много казаков. Насколько мы располагаем цифровыми данными для того времени, можно сказать, что указанное Философовым число казаков "полпяты тысячи" очень велико, но вполне вероятно. По некоторым соображениям приходится думать, что в 1612 г. под Москвой с кн. Трубецким и Заруцким сидело около 5000 казаков; из них Заруцкий увел около 2000, а остальные поддались земскому ополчению Пожарского. Не знаем точно, сколько пришло в Москву казаков с Пожарским из Ярославля; но знаем, что немногим позднее того времени, о котором идет теперь речь, а именно в марте и апреле 1613 г., казачья масса в Москве была столь значительна, что упоминаются отряды казаков в 2323 и 1140 человек и ими не исчерпывается еще вся наличность казаков в Москве. Таким образом, надобно верить цифре Философова и признать, что в исходе 1612 г. казачьи войска в Москве числом более, чем вдвое, превосходили дворян и раза в полтора превосходили дворян и стрельцов, вместе взятых. Эту массу надобно было обеспечить кормами и держать в повиновении и в порядке. По-видимому, московская власть этого не достигала, и побежденное земцами казачество снова поднимало голову, пытаясь овладеть положением дел в столице. Такое настроение казаков и отметил Философов словами: "И во всем казаки бояром и дворяном сильны, делают, что хотят".
С одной стороны, казаки настойчиво и беззастенчиво требовали "кормов" и всякого жалованья, а с другой — они "примеривали" на царство своих кандидатов. О кормах и жалованье летописец говорит кратко, но сильно: он сообщает, что казаки после взятия Кремля "начаша прошати жалованья безпрестанно", они "всю казну московскую взяша, и едва у них немного государевы казны отняша"; из-за казны они однажды пришли в Кремль и хотели "побить" начальников (т. е. Пожарского и Трубецкого), но дворяне не допустили до этого и меж ними "едва без крови проиде". По словам Философова, московские власти "что у кого казны сыщут, и то все отдают казаком в жалованье; а что (при сдаче Москвы) взяли в Москве у польских и русских людей, и то все поимали казаки ж". Наконец, архиепископ Арсений Елассонский согласно с Философовым сообщает некоторые подробности о розысках царской казны после московского очищения и о раздаче ее "воинам и казакам", после чего "весь народ успокоился". Очевидно, вопрос об обеспечении казаков составлял тогда тяжелую заботу московского правительства и постоянно грозил властям насилиями с их стороны. Сознавая свое численное превосходство в Москве, казаки шли далее "жалованья" и "кормов": они, очевидно, возвращались к мысли о политическом преобладании, утерянном ими вследствие успехов Пожарского. После московского очищения во главе временного правительства почитался казачий начальник боярин князь Трубецкой, главную силу московского гарнизона составляли казаки: очевидна мысль, что казакам может и должно принадлежать и решение вопроса о том, кому вручить московский престол. Стоя на этой мысли, казаки заранее "примеривали" на престол наиболее достойных, по их мнению, лиц. Такими оказались сын бывшего тушинского и калужского царя "Вора", увезенный Заруцким, и сын бывшего тушинского патриарха Филарета Романова. Московским властям приходилось до времени терпеть все казачьи выходки и притязания, потому что привести казаков в полное смирение можно было или силой, собрав в Москву новое земское ополчение, или авторитетом всей земли, создав Земской собор. Торопясь с созывом собора, правительство, конечно, понимало, что произвести мобилизацию земских ополчений после только что оконченного похода под Москву было бы чрезвычайно трудно. Других средств воздействия на казачество в распоряжении правительства не было. Терпеть приходилось еще и потому, что в казачестве правительство видело действительную опору против вожделений королевских приверженцев. Философов недаром говорил, что "бояре и лучшие люди" в Москве таили свое желание пригласить Владислава, "боясь казаков". Против поляков и их московских друзей казаки могли оказать существенную помощь, и Сигизмунд повернул назад от Москвы в конце 1612 г. скорее всего именно ввиду "полупяты тысячи" казаков и их противопольского настроения. Счеты с агентами и сторонниками Сигизмунда тогда в Москве еще не были закончены, и отношения к царю Владиславу Жигимонтовичу еще не были ликвидированы. Философов сообщал, что в Москве арестовано "за приставы русских людей, которые сидели в осаде: Иван Безобразов, Иван Чичерин, Федор Андронов, Степан Соловецкий, Бажен Замочников; и Федора де и Бажена пытали на пытце в казне". Согласно с этим и архиепископ Арсений Елассонский говорит, что по очищении Москвы "врагов государства и возлюбленных друзей великого короля, Ф. Андронова и Ив. Безобразова, подвергли многим пыткам, чтобы разузнать о царской казне, о сосудах и о сокровищах... Во время наказания их (т. е. друзей короля) и пытки умерли из них трое: великий дьяк царского судилища Тимофей Савинов, Степан Соловецкий и Бажен Замочников, присланные великим королем довереннейшие казначеи его к царской казне". По обычаю той эпохи, "худых людей, торговых мужиков, молодых детишек боярских", служивших королю, держали за приставами и пытали до смерти, а великих бояр, виновных в той же службе королю, только "в думу не припускали" и, самое большое, держали под домашним арестом, пока земский совет в городах не решит вопроса: "пускать их в думу, или нет?" До нас не дошли грамоты, которые были, по словам Философова, посланы в города о том, можно ли бояр князя Мстиславского "с товарищи" пускать в думу. Но есть полное основание считать, что на этот вопрос в Москве в конце концов ответили отрицательно, так как выслали Мстиславского "с товарищи" из Москвы куда-то "в городы" и произвели государево избрание без них. Все эти меры против московского боярства и московской администрации, служивших королю, временное московское правительство кн. Д. Т. Трубецкого, кн. Д. М. Пожарского и "Куземки" Минина могло принимать главным образом с сочувствием казачества, ибо в боярах и лучших "людях" еще жива была тенденция в сторону Владислава.