Начальным фактом и ближайшей причиной смуты послужило прекращение царской династии. Совершилось это прекращение смертью трех сыновей Ивана Грозного: Ивана, Федора и Дмитрия. Старший из них, Иван, был уже взрослым и женатым, когда был убит отцом. Характером он вполне походил на отца, участвовал во всех его делах и потехах и, говорят, проявлял такую же жестокость, какая отличала Грозного. Иван занимался литературой и был начитанным человеком. Существует его литературный труд "Житие Антония Сийского". (Впрочем, надо заметить, что это "Житие" представляет просто переработку его первоначальной редакции, принадлежащей некоему иноку Ионе. Оно написано по существующему тогда риторическому шаблону и особенных литературных достоинств не имеет.) Неизвестно, почему у него с отцом произошла ссора, в которой сын получил от отца удар жезлом настолько сильный, что от него (в 1582 г.) скончался. После смерти самого Грозного в живых остались два сына: Федор и, ребенок еще, Дмитрий, рожденный в седьмом браке Грозного с Марией Нагой.
В первое время по смерти Ивана Грозного произошли какие-то, нам точно неизвестные, беспорядки, которые окончились ссылкой боярина Бельского и удалением Марии Нагой с Дмитрием в Углич. Царем сделался Федор. Иностранные послы Флетчер и Сапега рисуют нам Федора довольно определенными чертами. Царь ростом был низок, с опухлым лицом и нетвердой походкой и притом постоянно улыбался. Сапега, увидав царя во время аудиенции, говорит, что получил от него впечатление полного слабоумия. Говорят, Федор любил звонить на колокольне, за что еще от отца получил прозвище звонаря, но вместе с тем он любил забавляться шутами и травлей медведей. Настроение духа у него было всегда религиозное, и эта религиозность проявлялась в строгом соблюдении внешней обрядности. От забот государственных он устранялся и передал их в руки своих ближних бояр. В начале его царствования из боярской среды особенно выдавались значением: Борис Годунов и Никита Романович Захарьин-Юрьев. Так шло до 1585 г., когда Никита Романович неожиданно был поражен параличом и умер. Власть сосредоточилась в руках Бориса Годунова, но ему пришлось бороться с сильными противниками — князьями Мстиславским и Шуйскими. Борьба эта принимала иногда очень резкий характер и кончилась полным торжеством Годунова. Мстиславский был пострижен, а Шуйские со многими родственниками подверглись ссылке.
Пока все это происходило в Москве, Мария Нагая с сыном и со своей родней продолжала жить в Угличе в почетной ссылке. Понятно, как должна была относиться она и все Нагие к боярам, бывшим у власти, и к Годунову, как влиятельнейшему из них. Нагая была жена Ивана Грозного, пользовалась его симпатией и общим почетом, и вдруг ее, царицу, выслали в далекий удел — Углич и держали под постоянным надзором.
Таким надзирателем от правительства был в Угличе Битяговский. Относиться к Битяговскому хорошо Нагие не могли, видя в нем агента от тех, которые послали их в ссылку. Мы очень мало знаем о настроении Нагих, но если вдуматься в некоторые свидетельства о Дмитрии, то можно убедиться, какую сильную ненависть питала эта семья к боярам, правящим и близким к Федору; про Дмитрия в Москве ходило, конечно, много слухов. Между прочим, по этим слухам, иностранцы (Флетчер, Буссов) сообщают, что Дмитрий характером похож на отца: жесток и любит смотреть на мучения животных. Рядом с такой характеристикой Буссов сообщает рассказ о том, что Дмитрий сделал однажды из снега чучела, называл их именами знатнейших московских вельмож, затем саблей сшибал им головы, приговаривая, что так он будет поступать со своими врагами — боярами. И русский писатель Авраамий Палицын пишет, что в Москву часто доносили о Дмитрии, будто он враждебно и нелепо относится к боярам, приближенным своего брата и особенно к Борису Годунову. Палицын объясняет такое настроение царевича тем, что он был "смущаем ближними своими". И действительно, если мальчик высказывал такие мысли, то очевидно, что сам он их выдумать не мог, а внушались они окружающими его. Понятно и то, что злоба Нагих должна была обратиться не на Федора, а на Бориса Годунова, как главного правителя. Ясно также, что и бояре, слыша о настроении Дмитрия, который считался наследником престола, могли опасаться, что взрослый Дмитрий напомнит им о временах отца своего, и могли желать его смерти, как говорят иностранцы. Таким образом, немногие показания современников с ясностью вскрывают нам взаимные отношения Углича и Москвы. В Угличе ненавидят московских бояр, а в Москве получаются из Углича доносы и опасаются Нагих. Помня эту скрытую вражду и существование толков о Дмитрии, мы можем объяснить себе, как весьма возможную сплетню, тот слух, который ходил задолго до убиения Дмитрия, — о яде, данном Дмитрию сторонниками Годунова; яд этот будто бы чудом не подействовал.