Однако к последней четверти XVI столетия уменьшение населения в замосковных и западных уездах достигло больших размеров и вызвало перемену в настроении правительства, возбудив в нем большую тревогу. Опустение земель лишало правительство сил и средств для продолжения борьбы за Ливонию. С опустелых служилых земель не было ни службы, ни платежей, а лучшие населенные церковные земли были "в тарханех" и не несли служебного и податного бремени. Успехи Стефана Батория были так легки и велики не только потому, что у него был военный талант и хорошее войско, но и потому, что он бил врага, уже обессиленного тяжким внутренним недугом. Вялость и нерешительность Грозного в последний период борьбы порождалась, думаем, не простыми припадками личной трусости, а сознанием, что у него исчезли средства для войны, что его земля "в пустошь изнурилась" и "в запустение пришла". Стремлением поправить дело вызвано было в 1572 и 1580 гг. запрещение передавать служилые земли во владение духовенства, в 1584 г. отмена податных льгот (тарханов) в церковных вотчинах. Важность этих мер легко себе представить, если вспомнить, что кругом Москвы две пятых (37%) всей пашенной земли принадлежали духовенству и что на поместных и вотчинных землях, составлявших остальные три пятых, хозяйство поддерживалось только на одной третьей части (23%), остальное же (40%) было запустошено служилыми владельцами. Если данные о подмосковном пространстве можно распространять на весь вообще центр государства, то позволительно сказать, что более половины всех возделанных земель было "в тарханах", а нельготные служилые земли на две трети пустели. Из соборного приговора 1584 г. видно, что правительство в то время уже вполне отчетливо представляло себе такое положение дела. Постановляя отмену тарханов на церковных землях, соборный акт говорит, что владельцы "с тех (земель) никакия царския дани и земских розметов не платят, а воинство, служилые люди, те их земли оплачивают, и сего ради многое запустение за воинскими людьми в вотчинах их и в поместьях, платячи за тарханы, а крестьяне, вышед из-за служилых людей, живут за тарханы во льготе". Таково было правительственное признание землевладельческого кризиса, признание несколько позднее, сделанное уже тогда, когда кризис был в полном развитии и когда частные землевладельцы испробовали много средств для борьбы с ним. Правительство вступилось в дело для охраны своих и владельческих интересов только в исходе XVI в. и действовало посредством лишь временных и частных мероприятий, колеблясь в окончательном выборе направления и средств. Оно не решалось сразу прикрепить к месту всю массу тяглого населения, но создало ряд препятствий к его передвижению. Такими препятствиями должны были служить: временное уничтожение тарханов, запрещение принимать закладчиков и держать слуг без крепостей, явленных определенным порядком, ограничение крестьянского перевоза, перепись крестьянского населения в книгах 7101 (1592—1593) г. Этими мерами думали сохранить для государства необходимое ему количество службы и подати, а для служилых землевладельцев — остатки рабочего населения их земель.
Но гораздо ранее правительственного вмешательства землевладельческий класс применил к делу для борьбы с кризисом ряд средств, указанных ему условиями хозяйственной деятельности и особенностями общественных отношений того времени. К энергической борьбе с кризисом землевладельцев вынуждали сами обстоятельства, рокового значения которых нельзя было не понять. Отклик населения создал недостаток рабочих рук в частных земельных хозяйствах и довел до громадных размеров хозяйственную "пустоту". Писцовые книги второй половины XVI в. насчитывают очень много пустошей: вотчин пустых и поросших лесом; сел, брошенных населением, с церквами "без пения"; порозжих земель, которые "за пустом не в роздаче" и которые из оброка кое-где пашут крестьяне "наездом". Местами еще жива память об ушедших хозяевах и пустоши еще хранят их имена, а местами и хозяева уже забыты, и "имян их сыскати некем". От пустоты совсем погибало хозяйство мелкого малопоместного служилого человека; ему было не с чего явиться на службу и "вперед служити нечем", он сам шел "бродить меж двор", бросая опустелое хозяйство, пока не попадал на новый поместный участок или не находил приюта в боярском дворе. Крупные землевладельцы — равно служилые и церковные — имели гораздо больше экономической устойчивости. Льготы, которыми они умели запастись, сами по себе влекли на их земли трудовое население. Возможность сохранить мирское устройство в большой боярской или монастырской вотчине была второй причиной тяготения крестьянства к крупным земельным хозяйствам. Наконец, и выход крестьянина от крупного владельца был не так легок; администрация крупных вотчин в борьбе за крестьян имела достаточно искусства, влияния и средств, чтобы не только удерживать за собой своих крестьян, но еще и "называть" на свои земли чужих. Таким образом, когда мелкие землевладельцы разорялись вконец, более крупные и знатные держались и даже пытались возобновлять хозяйство на случайно запустевших и обезлюдевших участках.