Мы знаем, что в последнее время самостоятельной новгородской жизни в Новгороде шла постоянная вражда между лучшими и меньшими людьми. Часто переходя в открытые усобицы, эта вражда ослабляла Новгород и делала его легкой добычей для сильных соседей — Москвы и Литвы. Все великие московские князья старались взять Новгород под свою руку и держать там своих служилых князей в качестве московских наместников. Не раз за неповиновение новгородцев великим князьям москвичи ходили войной на Новгород, брали с него окуп (контрибуцию) и обязывали новгородцев к послушанию. После победы над Шемякой, который скрылся в Новгороде, Василий Темный разгромил новгородцев, взял с них 10 000 рублей и заставил присягнуть на том, что Новгород будет ему послушен и не будет принимать никого из враждебных ему князей. Притязания Москвы на Новгород заставляли новгородцев искать союза и защиты у литовских великих князей; а те, со своей стороны, при всякой возможности старались подчинить себе новгородцев и брали с них такие же окупы, как Москва, но в общем плохо помогали против Москвы. Поставленные между двух страшных врагов, новгородцы пришли к убеждению в том, что они сами не могут охранить и поддержать свою независимость и что только постоянный союз с кем-либо из соседей может продлить существование Новгородского государства. В Новгороде образовались две партии: одна — за соглашение с Москвой, другая — за соглашение с Литвой. За Москву стояло по преимуществу простонародье, за Литву — бояре. Простые новгородцы видели в московском князе православного и русского государя, а в литовском — католика и чужака. Передаться из подчинения Москве в подчинение Литве значило бы для них изменить своей вере и народности. Бояре же новгородские, с семьей Борецких во главе, ожидали от Москвы полного разрушения старого новгородского строя и мечтали сохранить его именно в союзе с Литвой. После разгрома Новгорода при Василии Темном литовская партия в Новгороде взяла верх и стала подготовлять освобождение от московской зависимости, установленной при Темном, — путем перехода под покровительство литовского князя. В 1471 г. Новгород, руководимый партией Борецких, заключил с литовским великим князем и королем польским Казимиром Ягайловичем (иначе: Ягеллончиком) союзный договор, по которому король обязался защищать Новгород от Москвы, дать новгородцам своего наместника и соблюдать все вольности новгородские и старину.
Когда в Москве узнали о переходе Новгорода к Литве, то взглянули на это, как на измену не только великому князю, но и вере и русскому народу. В этом смысле великий князь Иван писал в Новгород, убеждая новгородцев отстать от Литвы и короля-католика. Великий князь собрал у себя большой совет из своих военачальников и чиновников вместе с духовенством, объявил на совете все новгородские неправды и измену и спрашивал у совета мнения о том, начать ли немедля войну с Новгородом или ждать зимы, когда замерзнут новгородские реки, озера и болота. Решено было воевать немедля. Походу на новгородцев придан был вид похода за веру на отступников: как Дмитрий Донской вооружился на безбожного Мамая, так, по словам летописца, благоверный великий князь Иоанн пошел на этих отступников от православия к латинству. Московская рать разными дорогами вошла в новгородскую землю. Под начальством князя Даниила Холмского она скоро победила новгородцев: сначала один московский отряд на южных берегах Ильменя разбил новгородское войско, а затем в новой битве на р. Шелони главные силы новгородцев потерпели страшное поражение. Посадник Борецкий попал в плен и был казнен. Дорога на Новгород была открыта, а Литва не помогла Новгороду. Пришлось новгородцам смириться пред Иваном и просить пощады. Они отказались от всяких сношений с Литвой и обязались быть неотступными от Москвы; сверх того они заплатили великому князю огромный окуп в 15 1/2 тыс. рублей. Иван возвратился в Москву, а в Новгороде возобновились внутренние смуты. Обижаемые своими насильниками, новгородцы жаловались великому князю на обидчиков, и Иван лично отправился в 1475 г. в Новгород для суда и управы. Правосудие московского князя, не пощадившего на своем суде сильных бояр, повело к тому, что новгородцы, терпевшие обиды у себя дома, стали ездить из года в год в Москву просить суда у Ивана. Во время одного из таких приездов два чиновника новгородских титуловали великого князя "государем", тогда как раньше новгородцы звали московского князя "господином". Разница была большая: слово "государь" в то время значило то же, что теперь значит слово "хозяин"; государем тогда называли своего хозяина рабы и слуги. Для вольных же новгородцев князь не был "государем", и они его звали почетным титулом "господин", так же точно, как звали и свой вольный город "господином Великим Новгородом". Естественно, что Иван мог схватиться за этот повод, чтобы покончить с новгородской вольностью. Его послы спросили в Новгороде: на каком основании новгородцы называют его государем и какого хотят государства? Когда же новгородцы отреклись от нового титула и сказали, что никого не уполномочивали называть Ивана государем, то Иван пошел походом на Новгород за их ложь и запирательство. Новгород не имел сил бороться с Москвой, Иван осадил город и начал переговоры с новгородским владыкой Феофилом и боярами. Он потребовал безусловной покорности и объявил, что хочет в Новгороде такого же государства, как в Москве: вечу не быть, посаднику не быть, а быть московскому обычаю, как государи великие князья держат свое государство у себя в московской земле. Долго думали новгородцы и, наконец, смирились: в январе 1478 г. согласились они на требование великого князя и целовали ему крест. Новгородское государство перестало существовать; вечевой колокол был увезен в Москву. Туда же была отправлена семья бояр Борецких, во главе которой стояла вдова посадника Марфа (ее считали руководительницей противомосковской партии в Новгороде). Вслед за Великим Новгородом были подчинены Москвой и все новгородские земли. Из них Вятка оказала некоторое сопротивление. В 1489 г. московские войска (под начальством князя Даниила Щеняти) силой покорили Вятку.
В первый год после подчинения Новгорода великий князь Иван не налагал своей опалы на новгородцев" и не принимал крутых мер против них. Когда же в Новгороде попробовали восстать и вернуться к старине, — всего через год после сдачи великому князю, — тогда Иван начал с новгородцами крутую расправу. Владыка новгородский Феофил был взят и отправлен в Москву, а взамен его был прислан в Новгород архиепископ Сергий. Много новгородских бояр было казнено, еще больше было переселено на восток, в московские земли. Исподволь все лучшие люди новгородские были выведены из Новгорода, а земли их взяты на государя и розданы московским служилым людям, которых великий князь в большом числе поселил в новгородских пятинах. Таким образом исчезла совсем новгородская знать, а с ней исчезла и память о новгородской вольности. Меньшие люди новгородские, смерды и половники, были избавлены от боярского гнета; из них были образованы крестьянские податные общины на московский образец. В общем, их положение улучшилось, и они не имели побуждения жалеть о новгородской старине. С уничтожением новгородской знати пала и новгородская торговля с Западом, тем более что Иван III выселил из Новгорода немецких купцов. Так была уничтожена самостоятельность Великого Новгорода. Псков пока сохранил свое самоуправление, ни в чем не выходя из воли великого князя.