После ликвидации Тайра Минамото-но Ёритомо получил от императорского двора право назначать во все провинции страны своих военных губернаторов сюго и земельных голов дзито, которые выполняли функции надзирателей над частными и государственными землями. Истребив могучий род Фудзивара и покорив регион Тохоку, он стал полноправным лидером самураев Японии. В 1192 году Ёритомо был назначен на должность «Великого сёгуна — покорителя варваров» и основал первое самурайское правительство, сёгунат Камакура. Таким образом, в стране начало действовать две системы власти — монарше-аристократическая в Киото, и военная в Камакуре. Последняя базировалась на отношениях господина-слуги между сёгуном и самурайскими обладателями гокэнин. Сёгун гарантировал неприкосновенность обладателям старых земель и предоставлял новые за преданную службу; в ответ те присягали на верность ему и служили в правительстве и армии. Время функционирования этого сёгуната называется периодом Камакура (1185—1333).
После смерти Ёритомо его вассалы из рода Ходзё уничтожили ряд влиятельных самурайских властителей и захватили реальную власть в правительстве. Они убили третьего сёгуна из рода Минамото и превратили эту должность в номинальную. Приглашая на пост главы Камакурского правительства аристократов и представителей Императорской семьи, Ходзё руководили от их имени как советники сиккэн. В 1221 году экс-император Го-Тоба, планируя возродить централизованное государство и ликвидировать двоевластие, поднял в Киото восстание против сёгуната. Однако это выступление закончилось поражением, в результате которого самурайское правительство подчинило себе столицу, двор и западные регионы страны. Чтобы закрепить успех, в 1232 году Ходзё Ясутоки установил первый самурайский свод законов, «Список наказаний», который стал образцом для подражания для законодателей последующих эпох.
В середине 13 века в Азии возникла могучая Монгольская империя, посольства которой неоднократно прибывали в Японию с требованием признать верховенство Великого хана. Императорский двор и сёгунат были единодушны относительно сохранения независимости страны, поэтому всех послов казнили. В ответ, в 1274 и 1281 годах монголы дважды вторгались на Японский архипелаг, но были разгромлены самурайскими войсками и тайфунами камикадзе, которые уничтожили флот нападавших. Несмотря на победу, сёгунат не раздал наград подчиненным, чем поколебал доверие к себе.
В конце 13 века из-за раздробления, выдачи под залог и продажи своих земельных участков, многие из самураев потеряли средства к существованию. Для их спасения сёгунат издал в 1297 году «Декрет благодатного правления», которым отменял долги и заставлял ростовщиков вернуть должникам всё имущество без возмещёний. Однако такой шаг не решил проблему малоземелья военной элиты, а лишь усугубил её, ибо отныне самураям никто не занимал денег. Поэтому авторитет Камакурского правительства окончательно обветшал.