В 8 веке борьба за контроль над центральным правительством между аристократией и буддистскими монахами обострилась. Роль монаршего дома постепенно приходила в упадок. В связи с этим, стремясь избавиться от влияния буддистов столичного района Нара, император Камму в 794 году перенес столицу страны в город Хэйан — «столицу мира и спокойствия», которое со временем стала называться Киото. Период с начала основания этого города и до образования первого сёгуната именуют периодом Хэйан (794—1185).
В новой столице император начал реформы, направленные на обновление «правового государства» и подавление аристократического произвола в регионах. Был установлен жестокий надзор центра за соблюдением «Закона о выдаче земельных наделов» в провинциях. Крестьяне были освобождены от военной службы, а вместо них защиту провинциальной администрации должна была выполнять местная знать, которая формировали отряды так называемых кондэй. Кроме этого была санкционирована серия военных походов против автохтонов юга Кюсю и севера Хонсю, с целью расширить границы японского государства.
После переноса столицы и налаживания исполнительной вертикали власть императора окрепла и потребность в его непосредственном вмешательстве во все дела отпала. Однако одновременно возросла роль императорских советников, должности которых узурпировали представители рода Фудзивара. Они отстранили от большой политики прочие аристократические роды и стали поставщиками главных жён Императору, превратившись таким образом в родственников японских монархов. Главы рода Фудзивара выполняли функции сэссё — регентов малолетнего императора, и кампаку — советников взрослого императора. Фактически они переняли всю полноту власти в стране и начали правление регентов и советников в лице монарха. Апогеем Фудзивара считается 11 век, эпоха председательства Фудзивары-но Ёримити, сына Фудзивары но Митинага, при которой этот род владел огромным количеством частных имений (сёэн) и занимал все ведущие посты в правительстве.
С началом 10 века начала проявляться нехватка земель государственного фонда, из-за чего выполнение «Закона о выдаче земельных наделов» затормозилось. Императорский двор изменил курс и перевел сбор налогов на плечи провинциалов кокуси. Последние получили источник обогащения и назначили своих управляющих в регионах. Вместе с тем, зажиточные крестьяне стали покидать государственные наделы и поднимать целинные земли, чтобы превратить их в частные имения. Государство брало высокий налог с таких имений, поэтому их владельцы дарили свою собственность влиятельным аристократам и монастырям, чтобы платить меньше. В обмен за это новые хозяева назначали дарителей управителями в своих владениях. Таким образом формировался слой новой региональной знати из крестьян.