К началу 9 века много молодых монахов были недовольны огосударствлением и политизацией буддизма. В поисках истинного учения двое монахов — Сайтё и Кукай — отправились в китайскую империю Тан и прошли там обучение. По возврате первый построил храм Энряку-дзи на горе Хиэй, ставший оплотом секты Тэндай, а второй основал храм Конгобу-дзи на горах Коя-сан, ставший центром секты сингон. Принесенный этими монахами новый эзотерический буддизм призывал к спасению через уединение в горах, изучение канона и молитвы для прозрения мира.
В 894 году из-за ослабления связей с Тан и позицией императорского советника Сугавара но Митидзанэ, Япония прекратила высылать посольства в Китай. Это прервало традицию импорта континентальных нововведений и стимулировало японцев разрабатывать свои собственные культурные формы. Появилась новая оригинальная аристократическая культура Кокуфу, которая расцвела во времена правления рода Фудзивара. Появился новый светский архитектурный стиль дворцов-усадеб с галереями и садами. Одежда знати и горожан приобрела оригинальные японские формы. В изобразительном искусстве возник новый жанр «японских картин» ямато-э, основными темами которого стали повседневная жизнь вельмож и местные пейзажи. Одновременно получила распространение японская азбука кана, на которой в первый раз начали составлять литературные произведения. Среди них особо выделяют «Повесть о старике Такэтори», «Записки у изголовья» Сэй-Сёнагон, «Повесть о Гэндзи» Мурасаки Сикибу, «Собрание старых и новых песен Японии» и «Дневник путешествия из Тоса в столицу» Ки-но Цураюки. Большинство книг сопровождались рисунками и были особенно популярны в среде аристократов.
Частые природные катаклизмы, эпидемии и нестабильность в японском обществе середины 10 века породили в нём эсхатологические представления. На этой волне в стране распространилось новое буддистское учение Чистой Земли, по которому любой, кто молился будде Амида, мог после смерти попасть в рай — «Чистую Землю невероятной радости». Распространяли это учение монахи Куя и Гэнсин. Вельможи, надеясь на счастливую загробную жизнь, принялись возводить по всей стране храмы и павильоны, посвященные Амиде. Одними из выдающихся образцов подобной архитектуры были «Зал фениксов» монастыря Бёдо-ин вблизи столицы и мавзолей монастыря Тюсондзи на северо-востоке Японии. В это же время, оформились идейные положения синкретизма буддизма и японского синто.