Окончательное оформление традиционной японской культуры пришлось на 17 — 19 века. В течение второй половины 17 — начала 18 века всеяпонскими культурно-научными центрами были Киото и Осака, а с конца 18 века их роль взял на себя город Эдо. Культуру времен киотско-осацкого доминирования принято называть культурой Гэнроку, а культуру периода Эдо — культурой Кассё. Оба названия происходят от названий соответствующих девизов правления Императоров.
Культура Гэнроку характеризовалась появлением иллюстрированных «современных рассказов» (яп. укиё-дзоси) — жанра японской литературы, разновидности иллюстрированных рассказов конца 17 — начала 18 века. Другое название — укиё-бон (яп. «современные книги»), которые описывали повседневную жизнь горожан. Танец Кабуки трансформировался в театр. Новое развитие получила поэзия в лице Мацуо Басё, который повысил хайку до уровня искусства. Кукольный театр нингё-дзюрури обогатился лирическими пьесами драматурга Тикамацу Мондзаэмона. В изобразительном искусстве активно работали художники школ Рин, Кано и Тоса. Вместе с тем появился новый жанр гравюр укиё-э, основоположником которого стал Хисикава Моронобу. Также имело место развитие точных и естественных наук, в частности математики и агрономии.
Культура Касей сказалась расцветом мещанской субкультуры и распространением гедонистических настроений. Жители Эдо зачитывались комедийными рассказами «На своих двоих по Токайдоскому тракту» Дзиппэнся Икку, «Современные бани» Сикитея Самбы, и полуфантастическими произведениями вроде «Рассказ о восьми собаках Сатоми из Южной Авы» Кёкутея Бакина. В поэзии прославились Ёса Бусон и Кобаяси Исса. Театральное искусство было на пике своей популярности. Повышенным спросом пользовались дома куртизанок. Мещанские гравюры укиё-э переживали свой ??«золотой век» благодаря портретисту Китагаве Утамаро и Тосюсаю Сяраку, пейзажистам Кацусике Хокусаю и Хиросигэ Утагава. Между тем среди самураев оставалась популярной традиционная живопись в исполнении Икэ-но Тайга и Урагами Гёкудо.
В 18 — 19 веках уровень образования в Японии был одним из самых высоких в мире[источник не указан 46 дней]. Кроме правительственных школ для самураев, действовали общественные теракоя для простолюдинов. Главными предметами были чтение, письмо, арифметика и основы конфуцианства. Изучались также новые науки, такие как «японоведение» кокугаку и «изучение Голландии» рангаку. Основы первой заложил Мотоори Норинага, который обосновывал японскую уникальность. Толчком для появления второй стали переводы европейских научных работ Сугитой Гэмпаку и Маэно Рётаку. Они способствовали становлению западного академизма в Японии. Конец периода Эдо сказался и ростом интереса к японской истории, чему способствовало издание «Неофициальной истории Японии» Рая Санъё.